Arrêt maladie et paie : obligations de l'employeur en 2026
Lorsqu'un salarié est placé en arrêt de travail pour maladie, l'employeur doit réagir rapidement : transmission de la DSN événementielle sous 5 jours, décompte du délai de carence, calcul des IJSS, versement du complément employeur et arbitrage sur la subrogation. Retrouvez la méthodologie complète et les règles de calcul 2026.
Réception de l'arrêt maladie : que doit faire l'employeur ?
Dès l'interruption de son travail, le salarié dispose d'un délai légal de 48 heures pour vous adresser le volet 3 de son avis d'arrêt de travail (les volets 1 et 2 étant adressés directement à sa caisse primaire d'assurance maladie - CPAM).
Dès réception, l'employeur a une obligation déclarative stricte :
L'ancienne attestation de salaire papier n'existe plus. Vous devez émettre une DSN événementielle signalant l'arrêt de travail dans un délai de 5 jours ouvrables suivant la prise de connaissance de l'arrêt. Ce signalement automatisé transmet les 3 derniers salaires bruts du salarié à l'Assurance Maladie et déclenche le calcul immédiat de ses indemnités journalières.
Le délai de carence : 3 jours sans indemnisation CPAM
En cas de maladie ordinaire, la Sécurité sociale applique un délai de carence de 3 jours calendaires. Cela signifie que les 3 premiers jours de l'arrêt (généralement J1, J2 et J3) ne sont pas indemnisés par la CPAM. L'indemnisation au titre des IJSS ne démarre qu'à compter du 4e jour d'absence.
- Prolongation d'arrêt de travail ou rechute dans les 48 heures suivant la reprise ;
- Affection de longue durée (ALD) : la carence de 3 jours n'est retenue qu'une seule fois sur une période de 3 ans ;
- Accident du travail ou maladie professionnelle (indemnisation dès le 1er jour).
Les IJSS : calcul, conditions et montants 2026
Les Indemnités Journalières de Sécurité Sociale (IJSS) sont versées pour chaque jour calendaire d'arrêt (y compris week-ends et jours fériés) :
Formule légale de calcul des IJSS maladie
IJSS journalière brute = Salaire Journalier de Base (SJB) x 50 %
Le SJB est égal au total des 3 derniers salaires bruts précédant l'arrêt divisé par 91,25 (plafonné à 1,8 fois le SMIC mensuel, soit un plafond maximal de salaire brut pris en compte d'environ 3 243 € brut/mois). Le montant maximal de l'IJSS brute en maladie ordinaire tourne autour de 53 € par jour.
Exemple chiffré : pour un salarié percevant 2 500 € brut régulier par mois :
• Total 3 derniers mois : 7 500 € brut.
• SJB = 7 500 / 91,25 = 82,19 € brut par jour.
• IJSS brute = 82,19 € x 50 % = 41,10 € brut par jour calendaire.
Le maintien de salaire employeur : obligations légales
En application de l'article L. 1226-1 du Code du travail, dès lors que le salarié justifie d'au moins 1 an d'ancienneté dans l'entreprise au premier jour de son arrêt, l'employeur a l'obligation de verser une indemnité complémentaire aux IJSS :
| Période de l'arrêt | Taux de maintien légal | Conditions de carence |
|---|---|---|
| Jours 1 à 7 | 0 % (Carence employeur) | Délai de carence légal employeur de 7 jours (sauf CCN) |
| Jours 8 à 37 (30 premiers jours) | 90 % de la rémunération brute (IJSS incluses) | L'employeur verse le différentiel entre 90 % et les IJSS |
| Jours 38 à 67 (30 jours suivants) | 66,66 % (2/3) de la rémunération brute | Ces durées augmentent avec l'ancienneté par tranche de 5 ans |
Vérifiez toujours votre convention collective : de nombreuses branches professionnelles (Syntec, métallurgie, bureaux d'études, commerce) prévoient un maintien à 100 % du salaire net dès le 1er jour sans délai de carence ou dès 6 mois d'ancienneté. Les contrats de prévoyance collective souscrits par l'entreprise prennent souvent le relais du complément au-delà des obligations légales.
Rappel : l'arrêt maladie ouvre désormais des droits à congés payés à hauteur de 2 jours ouvrables par mois d'absence.
Subrogation : simplifier le versement de la rémunération
La subrogation est le mécanisme par lequel l'employeur avance au salarié la totalité de son salaire maintenu pendant son arrêt, et perçoit directement à sa place les IJSS versées par la CPAM.
Le salarié ne subit aucune perte de trésorerie ni délai de traitement : il reçoit sa paie habituelle à la date fixe chaque mois. L'employeur récupère les fonds auprès de la CPAM via les flux bancaires DSN.
La CPAM verse les IJSS directement sur le compte personnel du salarié avec plusieurs semaines de décalage. L'employeur ne verse que son complément éventuel sur le bulletin.
Impact sur le bulletin de paie
Sur le bulletin de paie en ligne, le traitement de l'arrêt maladie nécessite d'ajuster précisément plusieurs rubriques :
- Déduction d'absence maladie : valorisée selon la méthode des heures réelles (recommandée par la Cour de cassation) pour déduire les heures d'absence du salaire brut de base ;
- Indemnités journalières subrogées : réintégrées au net (les IJSS brutes sont exonérées de cotisations de Sécurité sociale ordinaires mais soumises à la CSG/CRDS à 6,70 %) ;
- Complément de salaire employeur : soumis aux cotisations sociales ordinaires ;
- Garantie du net : ajustement automatique afin que le salarié ne perçoive pas un net supérieur à son salaire habituel du fait de l'exonération partielle des IJSS.
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- Le calcul précis des IJSS et du maintien conventionnel est automatisé selon votre convention collective ;
- Le suivi des bordereaux de paiement CPAM (BPIJ) et la régularisation de subrogation sont pris en charge sans friction ;
- Vos bulletins sont impeccables, dès 11 € HT par salarié et par mois.
Questions fréquentes sur l'arrêt maladie
Un salarié en CDD a-t-il droit au maintien de salaire ?
Oui. Dès lors qu'il justifie d'au moins 1 an d'ancienneté dans l'entreprise, le salarié en CDD bénéficie du complément légal ou conventionnel dans la limite de la durée de son contrat.
L'employeur peut-il contester un arrêt maladie ?
Oui. S'il verse un maintien de salaire, l'employeur a le droit de mandater un médecin contrôleur indépendant pour effectuer une contre-visite au domicile du salarié pendant les heures d'interdiction de sortie.
Que se passe-t-il si l'arrêt dépasse 30 jours ?
L'employeur a l'obligation d'organiser une visite médicale de reprise auprès du service de prévention et de santé au travail dans les 8 jours suivant le retour du salarié dans l'entreprise.
Les IJSS sont-elles imposables à l'impôt sur le revenu ?
Oui. Les indemnités journalières sont soumises à l'impôt sur le revenu (sauf ALD) et intégrées directement dans la base de calcul du prélèvement à la source.
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